دانشگاه از زبان خمینیاگر دانشگاه ما یک دانشگاه صحیحی بود، جوانهای ما را که در دانشگاه می خواهند حرف حقی بزنند خفه نمی کردند. دانشگاهی که بر آن حکومت کنند، دانشگاه نمی شود. محیط علم باید آزاد باشد.نجف، 6 مهر 1356دانشگاه که مرکز علم و سازنده آینده ملت است، تعطیل است. نمی گذارند کارش را بکند. می ریزند توی آنِ، زن و مردش را می زنند، زخمی می کنند یا می گیرند و می برند در حبس ها. دانشجو را کتک می زنند و می کشنددر دیدار با گروهی از ایرانیان مقیم اروپا، نوفل لوشاتو، 20 مهر 1357اساتید دانشگاه ها نمی توانند آنطور که می خواهند به کار خودشان ادامه بدهند. دانشجویان دانشگاهها هم نمی توانند به کار خودشان آنطور که می خواهند، ادامه دهند. دولت برای تحمیل قدرت خودش تشبث* می کند به یک عده چماق به دست. هرگونه آزادی را از دانشجویان گرفته انددر دیدار با گروهی از ایرانیان اروپا، 3آبان 1357مدارس ما غالباً نیمه تعطیل هستند یا تعطیل. وقتی هم که اشتغال داشته باشند دستور این است که آزادی کلام و آزادی اظهارعقیده در آنها وجود نداشته باشد و رجال روشنفکر در آنها فعالیتی نکننددر مصاحبه با تلویزیون فرانسه، پاریس، 6 آبان 1357
ریشه تمام مصیبت هایی که تا کنون برای بشر پیش آمده از دانشگاهها بوده است. از این تخصص های دانشگاهی بوده است تمام فسادهایی که در ملتها پیدا شده از حوزه های علمیه ای بوده است که از نظر شرعی متعهد نبوده اند. همه مصیبت هایی که در دنیا پیدا شده از متفکرین و متخصصین دانشگاهها بوده است. کشور ما را هم همین دانشگاهها به دامن ابرقدرتها کشاندند. حالا شما می نشینید و می نویسید که چرا دانشگاه تعطیل است؟ اگر به اسلام علاقه دارید، بدانید که خطر دانشگاهها از خطر بمب خوشه ای بالاتر استدر دیدار با اعضای دفتر تحکیم وحدت حوزه دانشگاه، 27 آذر 1359ما هر چه می کشیم، از این طبقه ای است که ادعا می کنند دانشگاه رفته ایم و روشنفکریم و حقوقدانیم. هرچه ما می کشیم از اینها استاول مرداد 1358منافقین هی می گویند، مغزها دارند فرار می کنند. به جهنم که دارند فرار می کنند.. این دانشگاهها رفته ها، اینها که همه اش دم از علم و تمدن غرب می زنند، بگذارید بروند. ما این علم و دانش غرب را نمی خواهیم. اگر شما هم می دانید که در اینجا جایتان نیست، فرار کنید. راهتان باز استجماران، 8 آبان 1358ما دانشگاهی را که شعارش این باشد که می خواهیم ایران را متمدن و آباد داشته باشیم و رو به تمدن بزرگ برویم، نمی خواهیمدر دیدار با نمایندگان مجلس، جماران، 6 خرداد 1360امیدوارم احساس کرده باشید که همه دردهای ایران از دانشگاهها شروع شده استدر دیدار با وزیر و معاونان وزارت فرهنگ وآموزش عالی، 27 فروردین 1364در نیم قرن اخیر آنچه به ایران و اسلام ضربه مهلک زده است، قسمت عمده اش از دانشگاهها بوده است از وصیت نامه خمینی